L’historique de l’institution qu’est devenue la MRC de Kamouraska est difficile à retracer étant donné le nombre restreint d’écrits qui peuvent en témoigner. Cependant, nous pouvons affirmer que lorsque le Bas-Canada a été créé au milieu du XIXe siècle, le monde municipal commençait.
Par la suite, au début des années 1960-1970, naissait les premières instances municipales appelés des Conseils de comté, dont le Conseil de comté de Kamouraska. Les membres de ce conseil se réunissaient quatre fois par année et leurs responsabilités s’en tenaient à l’entretien des ponts, à la gestion des cours d’eau et au maintien du bureau d’enregistrement de la publicité des droits.
Puis, en 1982, le gouvernement du Québec a créé les Municipalités régionales de comté (MRC) par la Loi 125 sur l’aménagement et l’urbanisme. Des consultations publiques ont eu lieu par la suite pour déterminer le découpage du territoire de chacune des MRC. Au départ, la MRC de Kamouraska contenait 20 municipalités. Avec le temps les municipalités de Andréville (paroisse de Saint-André), Saint-Louis-de-Kamouraska (paroisse de Kamouraska) et Saint-Pascal Paroisse ont disparu, ayant fusionné avec leur village ou leur ville respective pour mener aux 17 municipalités d’aujourd’hui.
La MRC de Kamouraska est maintenant régit par la Loi sur l’aménagement et l’urbanisme, le Code municipal, le Code des cités et villes et la Loi sur la fiscalité pour l’attribution des quotes-parts aux municipalités.